Las Especializaciones Médicas se rigen bajo el Plan Único de Especializaciones Médicas (PUEM). Este plan curricular, organizado en una construcción conceptual funcional, está destinado a conducir acciones educativas médicas consideradas social y culturalmente valiosas y profesionalmente eficientes, cuyo diseño ha sido la consecuencia de acciones de discernimiento que establecen diversos compromisos consensuados entre la Facultad de Medicina, las Instituciones de Salud y los Consejos Mexicanos de Especialistas en relación con los procesos educativos de los futuros especialistas; e implica, a su vez, un ejercicio libre para definir con claridad los fines a los que debe orientarse la acción, y esclarecer los mejores recursos y estrategias para lograr su consecución.
Los Posgrados de Alta Especialidad en Medicina (PAEM) son programas académicos que capacitan a los médicos ya especialistas en un campo específico. Surgieron como respuesta al constante crecimiento científico y tecnológico, y a las necesidades de atención médica del país. Se caracterizan por ser de gran actualidad y profundidad. Los PAEM tienen como propósito lograr el siguiente perfil profesional del egresado: médico especialista con capacidad para desempeñarse eficientemente y a profundidad en un campo circunscrito relacionado con su especialidad; dominar las habilidades y destrezas propias y actualizadas para lo que fue capacitado, y con actitudes éticas y humanitarismo en la solución de problemas particulares de salud.